Il Presidente del Comitato Scientifico è nominato dal Consiglio Generale.
Il Comitato Scientifico, composto da un numero di membri non inferiore a dieci è formato da studiosi italiani e stranieri particolarmente qualificati e di riconosciuto prestigio nel campo della cultura rinascimentale, ed è nominato dal Consiglio Generale su indicazione del Presidente del Comitato Scientifico.
Il Comitato scientifico dura in carica quattro anni ed i suoi membri sono rieleggibili.
L'incarico può cessare per dimissioni, incompatibilità o revoca da parte del Consiglio Generale.
Del Comitato Scientifico fanno parte di diritto il Presidente della Fondazione e il Direttore, il quale ha anche il compito di redigere il verbale della seduta.
Il Comitato Scientifico si riunisce su convocazione del suo Presidente per discutere, suggerire e fornire al Consiglio di Direzione indicazioni, progetti sulle attività annuali e pluriennali della Fondazione.
Qualora si verifichi la necessità, alcuni membri del Comitato Scientifico possono essere cooptati nel Consiglio di Direzione per l'organizzazione di singole manifestazioni.
I componenti del Comitato Scientifico non ricevono alcuna remunerazione in dipendenza della loro carica, salvo il rimborso delle spese effettivamente sostenute, per la collaborazione alla organizzazione delle attività, e anche per la partecipazione alle riunioni.